借主にとって、賃貸住宅退去時、家賃滞納や建物に損害などを与えていないかぎり、敷金は返金されるものと思っていますが、貸主は「原状回復」義務や契約書の「特約」を元に修繕費を請求してくるので、借主には思いがけない請求となるようです。
このような借主の原状回復義務や貸主と借主の修繕費の負担割合については次の資料を参考にして、契約書や修繕明細書を確認した上で貸主とよく話し合ってください。
・原状回復をめぐるトラブルとガイドライン（国土交通省ホームページ）
http://www.mlit.go.jp/jutakukentiku/house/torikumi/torikumi.html#minkanjuutaku
・退去時の補修負担割合『協会ルール』解説書(（社）徳島県宅地建物取引業協会 電話088-625-0318)